Bjelovarska afera povijesni je politički događaj, koji se dogodio 12. rujna 1888. godine u Bjelovaru tijekom susreta između austrijskog cara Franje Josipa I. i hrvatskog biskupa Josipa Jurja Strossmayera.

Car Franjo Josip I. po drugi je put posjetio Bjelovar, 12. rujna 1888. godine. Ovaj put povod su bile vojne vježbe na području sela Rače i Drljanovca, oko 20 km od Bjelovara. U carevoj pratnji bio je i prijestolonasljednik Rudolf i nadvojvode Willim, Joseph i Otto te engleski princ od Walesa, kasnije kralj Edvard VII.

U zgradi tadašnjeg gradskog poglavarstva u Bjelovaru (danas zgrada Gradskog muzeja), na prvome katu susreli su se car Franjo Josip I. i đakovački biskup Josip Juraj Strossmayer. Tijekom susreta, Franjo Josip I. prigovorio je biskupu što je poslao brzojavnu čestitku u Kijev prigodom 900. godina pokrštavanja Rusa. Na carev prigovor biskup Strossmayer mu je odgovorio:”Moja je savjest čista!”, te se udaljio od cara okrenuvši mu leđa, što je u to doba smatrano neviđenom uvredom. Taj sukob nazvan je “bjelovarska afera”. O tome se pisalo u mnogim tadašnjim europskim novinama.